文章首先解釋命名的具體原因：一是齋廣一室，深七室，其形似舟；二是齋中數室各具特色，或深奧溫暖，如同船艙，或虛空四壁，如窗外兩舷，處於室中，猶如在舟；三是齋之左右風景如畫，花木山石分別兩側，齋置於其中，好似一舟行於山林相間的江水之中。同時，作者也生動地描繪了畫舫齋的結構特點和它所處的自然環境，富有特色的建築和山石花木交相輝映，構成一幅賞心悅目的畫麵。接著順應畫舫之名，轉而言舟，作者先從《周易》說起，用渡河比喻處境危難，用船來擺渡，比喻自己從政治漩渦中擺脫出來，從汴水出發，渡淮河，沿長江上溯曆盡艱險。人生旅途也需要有船來作為戰勝艱難險阻的工具，現在我卻忘記了困難和險阻，還用船來給房間起名，難道我果真喜愛船上的生活嗎？作者覺得這種在江湖之上享受戰勝大風大浪的快樂，也是人生的一大趣事。進而又雲：我聽說有的古人為逃避世事遠遠來到江湖上麵，終身不肯回頭，這裏一定有某種快樂，如果不是因為貪求財利，不是因為有罪或身不由己，那麽，一帆風順，水波平靜，心情平緩地躺在枕席之上，一天便可到達千裏之外的地方，這樣乘船難道不快樂嗎？作者談這兩種“樂”，都不是現實中的“樂”，隻是一種理想，一種追求，而現實中的“江湖”和“舟之行”，帶給他的都是一種不幸和痛苦。作者以舟名齋，用“畫舫齋”這個飽含深意的詞來時時警醒自己，即現在雖然列官朝廷，享受優厚待遇，但要居安思危。最後又回到現實中來，請朋友蔡君謨題詞，白抒胸臆，宣泄他內心的積鬱。
作者抓住以舟名齋這個中心主題，反複發揮，追憶自己的經曆，聯想古代的隱士，逐層遞進轉折，層層加以剖析，既簡明又深婉地抒寫了自己複雜的內心世界。全文情景交融，飽含哲理，充分體現了作者豁達開朗的情懷，及其居安思危的思想。