出身官宦
魏孝文帝延興二年（472年）壬子，酈道元生於涿州酈亭（今河北省涿州市道元村）的一個官宦家庭。他的父親酈範年少有為，在北魏太武帝時期，任給事東宮，後來他以優秀的戰略眼光成為了一個優秀的軍師，曾經做過平東將軍和青州刺史。
酈道元少年時期，因父親酈範擔任青州刺史，便跟隨父母居住青州（今山東省青州市）。
為官經曆
太和初年，酈道元承襲永寧侯爵位，依例降為伯這一等級。太和十七年（493年）秋季，北魏遷都洛陽，酈道元擔任尚書郎。太和十八年（494年），跟隨魏孝文帝出巡北方，因執法清正，被提拔為治書侍禦史。禦史中尉李彪認為道元執法公正嚴厲，自太傅掾引進為書侍禦史。
李彪被仆射李衝所彈劾，酈道元也被被免職。景明年間（500—503年），酈道元被下放為冀州鎮東府長史。刺史於勁，乃是順皇後的父親，西征關中的時候，也沒有到過此州。酈道元在那裏為官三年，為政嚴酷，人們非常敬畏他，以至於奸人盜賊紛紛逃往他鄉，冀州境內大治。後來酈道元又做了魯陽郡太守，上表朝廷建立學校，推崇教育，教化鄉民。朝廷下詔說：“魯陽原本是南部邊境的地區，沒有設立過學校。現在可以在那裏設立學校，使魯陽像西漢文翁辦學那樣成為有文化教養的地區。”酈道元在魯陽郡的日子，老百姓佩服他的威名，不敢違法。
延昌年間（512—515年），酈道元為東荊州刺史，以威猛為政，就像在冀州一樣。當地百姓到朝廷向皇帝告狀，告他苛刻嚴峻，請求前任刺史寇祖禮回來複任。等到寇祖禮回來並派遣戍邊士兵七十名送酈道元回京時，兩人都因為犯事被罷官。
魏孝明帝正光四年（523年），酈道元擔任河南尹，治理京城洛陽。其後，奉詔前往北方各鎮，整編相關的官吏，籌備軍糧，作好防守邊關的必要準備。孝明帝把沃野鎮、懷朔鎮、薄骨律、武川鎮、撫冥鎮、柔玄鎮、懷荒鎮、禦夷鎮諸鎮都改為州，它們的郡、縣、戍的名稱，令準古城邑。朝廷詔令道元為持節兼黃門侍郎，急速與大都督李崇籌劃應設置，裁減去留。恰逢各鎮起義叛亂，裁減之事沒有結果就返回了。孝昌初年，梁朝派遣將領攻打揚州刺史元法僧又在彭城反叛。詔令道元為持節、兼侍中、兼行台尚書，調度各軍，依照仆射李平的先例。軍隊到達渦陽，戰敗撤退。後酈道元追逐討伐，多有斬殺俘獲。後來被授任禦史中尉。
酈道元執政平素嚴厲，頗遭豪強和皇族忌恨。但當地豪強卻不能把酈道元怎麽樣，他們的聲望更有損害。皇親元微誣陷叔父元淵，酈道元力陳事實真相，元淵得以昭雪。元微因此嫉恨酈道元。
司州牧、汝南王元悅寵幸丘念左右親近的人，常與他們起居。到選州官的時候，多取決於丘念。丘念經常高興且偷偷地收下元悅送給他的宅第，有時兩人還一起去此宅第，道元秘密查訪得知此事，逮捕了丘念並將其關進監獄。元悅上奏靈太後，請保全丘念之身，便詔令赦免丘念。酈道元（搶在命令下達之前）就把丘念處死，並用此事檢舉元悅的違法行為。[8] 元悅從此懷恨在心。
不屈而死
北魏孝昌三年（公元527年），孝昌三年丁未十月（527年11月），南齊皇族、北魏雍州刺史蕭寶夤在長安（今陝西省西安市）發動叛亂，當時雍州刺史蕭寶夤謀反的情況逐漸嚴重。侍中、城陽王元徽平素忌恨道元。元微、元悅便使出借刀殺人之計，通過暗示朝廷，且竭力慫恿胡太後任命酈道元為關右大使，去監視蕭寶夤。寶夤顧慮到道元想要平息自己的叛亂，也認為這是朝廷要算計自己，受汝南王元悅慫恿便派遣他的行台郎中郭子恢在陰盤驛亭圍住道元。亭在岡下，人們常吃岡下的井水。但道元已經被包圍，掘井十多丈都沒有水。水沒有了，力氣也就少了許多。賊寇於是跳牆而入。酈道元與他的弟弟酈道峻、酈道博，長子酈伯友、次子酈仲友被殺害。道元死前怒目嗬斥賊人，大聲斥責而死亡。寶夤還是派人殯殮他們父子，埋葬在長安城東。事平，靈柩回到長安城，朝廷追贈為吏部尚書、冀州刺史、安定縣男。
武泰元年（528年）春，魏軍收複長安，酈道元還葬洛陽，被朝廷追封為吏部尚書、冀州刺史。三子酈孝友承襲爵位。