第一部分
記遊山所見的景物和經過，是記敘部分。可以分為兩層。（第一、二段）
第一層（第一段），介紹褒禪山概況。
文章緊扣題目，以“褒禪山亦謂之華山”一句起頭，點明作者所遊的地方是“褒禪山”，以及這座山的另一個名稱“華山”。由這句的“褒禪山”一名引出褒禪山名稱由來，點出禪院。寫禪院，既證實褒禪山名稱由來，又引出“距其院東五裏”的華山洞。寫華山洞的位置和命名緣由，為下文寫遊華山洞作交待，其中寫華山洞命名緣由又與開頭一句照應。記仆碑文字，循名責實，辨“華山”誤讀，不僅回應開頭一句，證明褒禪山本名“華山”，亦即“花山”，也為後文的議論伏筆。記敘的景物由禪院到華山洞，再到仆碑，反映了遊覽行蹤。全段以山名起始，以考證山名結尾，在內容上環環相扣。
其實作者自己也犯了個錯，“華山洞”其實應為“華陽洞”，不過現在依舊保留原文，不加修改。
第二層（第二段），記遊華山洞的經過。
先略述前洞和後洞的概況，突出前洞與後洞迥然不同的環境特征，以及遊前洞之易與遊後洞之難，揭示一般遊人就易避難的心理，為後文“夫夷以近，則遊者眾；險以遠，則至者少”伏筆。
然後詳記遊後洞的經過。“餘與四人擁火以入”，點明了與人同遊，這才有入洞以後諸人的不同反應。寫經過時，對所見景象，隻異常簡括地記下“入之愈深，其進愈難，而其見愈奇”，用連鎖句式說明入“深”、進“難”、見“奇”的遞進式因果關係，為後文借景喻理提供依據。
隨著入洞之深而“其見愈奇”，下文本應敘寫乘興而入，尋幽訪勝，領略“奇”景。不料，卻中途退了出來。遊洞至此結束。
作者又補敘了兩點。一是“蓋予所至……則其至又加少矣”，一是“方是時……而餘亦悔其隨之而不得極夫遊之樂也”。這兩點補敘為下文借事喻理提供了依據。寫出洞後的心情，突出一個“悔”字。因為當時“力尚足以入，火尚足以明”，卻“與之俱出”，“不得極夫遊之樂”，由此而“悔”，並因“悔”而引出下文。
第二部分
寫遊山的心得。這是文章的議論部分，可以分為兩層。（第三四、段）
第一層（第三段），寫遊華山洞的心得。這一層是全文的重點。
以“於是餘有歎焉”一句承上啟下。“歎”字承上文的“悔”字，領起全段，自然地轉入議論。
作者先借托古人，說古人遊覽觀賞“往往有得”，是因為他們“求思之深而無不在也”。以此表明作者在下麵所要說的觀察所得，不是隨意的，而是以古人的“求思”精神為依據和標準，經過深思而悟出來的。
以下以遊洞為喻，以“有誌”為中心，進行逐層論述，闡明宏偉的目標、險遠的道路和“誌”“力”“物”之間的內在聯係。
“夫夷以近，則遊者眾”，照應“其下平曠，有泉側出，而記遊者甚眾”；“險以遠，則至者少”，照應“由山以上五六裏，有穴窈然，入之甚寒，問其深，則其好遊不能窮也”。兩相對比之後，緊接著指出“而世之奇偉、瑰怪、非常之觀，常在於險遠，而人之所罕至焉”，照應“入之愈深，其進愈難，而其見愈奇”。這裏以景喻物，用“奇偉、瑰怪、非常之觀”比喻某種最高成就的境界。但這種境界“人之所罕至”，不是每個人都可以達到的。
怎樣才能達到呢?作者提出了三個“不能至”：“非有誌者不能至也”，“力不足者，亦不能至也”，“無物以相之，亦不能至也”。這三個“不能至”表達了三層意思，提出了達到目的的三個必要條件：“誌”“物”“力”。在提出“誌”這個條件時，用兩個否定詞構成雙重否定，強調“有誌”；在提出“力”和“物”這兩個條件時，又分別把“有誌”作為基本前提，也強調了“有誌”。這就揭示了三者之間的辯證關係，首先要有“誌”，其次要有“力”，再次要有“物”，把需要堅定的誌向、不斷的艱苦努力又需要一定的物質條件才能完成一種理想追求的道理，說得相當清楚、完備而透徹。三個“不能至”的三層意思，是按照三個條件的重要性依次排列的，邏輯十分嚴密。
這三個條件缺一不可，都不是充分條件而是必要條件，而其中“誌”又是最根本的。所以作者又對“誌”的重要性，作進一步的強調和申述。“然力足以至焉，於人為可譏，而在己為有悔”，是說有“力”而無“誌”，因此未達到目的，這會被人譏笑，自己也會悔恨；“盡吾誌也而不能至者，可以無悔矣，其孰能譏之乎?”指出隻要“盡吾誌”，雖然不能達到目的，也可以無譏無悔。通過對比“力足以至”而未能至和“盡吾誌也而未能至”兩種情況，得出“可譏”“有悔”和“無悔”“無譏”兩種結果。這一正一反的兩層意思，照應“既其出，或咎其欲出者，而予亦悔其隨之而不得極夫遊之樂也”，突出了“有誌”的決定作用，並且提出“盡吾誌”，即全力以赴、堅持不懈的高標準要求，從事物的規律性歸結到人的主觀能動性，把所議論的道理推進一層。
最後，以“此餘之所得也”，收束這一段議論，歸結到作者思想上的收獲，回應“古人之觀於天地、山川、草木、蟲魚、鳥獸，往往有得，以其求思之深而無不在也”。這段議論以古人“有得”始，以自己“所得”終，前後呼應。
第二層（第四段），借仆碑抒發感慨，提出治學必須采取“深思而慎取”的態度。
這一段與第一段記仆碑文字和訂正讀音相照應。先由所見的仆碑引出感慨，指出由於“古書之不存”，致使後人以訛傳訛。“何可勝道也哉”，這是從個別到一般，由“華山”的“音謬”概括出社會上輾轉訛誤，相沿失實的普遍情況。針對這種情況，提出“學者不可以不深思而慎取之也”，這是從具體到抽象，概括出研究事物必須去偽存真的道理。這段議論一正一反：從反麵加以否定，批評“謬其傳而莫能名”；從正麵加以肯定，強調“深思而慎取”。
第三部分
是記遊的結尾，補敘同遊者的籍貫、姓名和作記時間，以及作者籍貫、署名。這是寫遊記常用的格式（第五段）