宋祁的祖先是周武王所封的宋國君主微子，到了晚唐唐昭宗之時，時任禦史中丞的高祖宋紳，因其言語不當而獲罪，被罷免其官，遂舉家遷於雍丘縣雙塔鄉（今河南商丘民權縣）。
北宋天聖二年（1024年），宋祁與其兄宋庠同舉進士，禮部本擬定宋祁第一，宋庠第三，但是章獻皇後覺得不能弟弟不能排在哥哥的前麵，於是定宋庠為頭名狀元，而把宋祁放在第十位，人稱“二宋”，以大小區別，所以又有“雙狀元”之稱。
宋祁初為複州軍事推官，後經孫奭（shì）推薦升任大理寺丞、國子監直講。殿試之後授予直史館，再升任太常博士，同知禮儀院。又升遷為尚書工部員外郎，修撰《起居注》。
寶元二年（1039年）宋祁改擔任鹽鐵句院，知製誥，升遷為天章閣侍製，判太常禮院，至國子監。在西北邊境戰事財政都吃緊的情況下，他寫下了關於“三冗三費“的上疏。
慶曆元年（1040年），因其兄宋庠與宰相呂夷簡不合被罷相之事，被貶為知壽州（今安微省鳳台縣），後至陳州（今河南淮陽縣）。
慶曆三年（1043年）回朝，擔任龍圖閣學士、史館修撰，奉皇帝的詔令同歐陽修合修《唐書》，前後曆時十七年。
慶曆六年（1046年），宋祁升為右諫議大夫，出任群牧使。
慶曆八年（1048年），再次擔任翰林學士。
皇祐元年（1049年），宋祁因張貴妃冊封之事被貶知許州（今河南省許昌市）。數月後又被召回，為侍讀學士，史館修撰，升遷給事中，兼龍圖閣學士。
皇祐四年（1052年），因其子犯罪之事，被貶知亳州（今屬安徽省）兼集賢殿修撰。
皇祐五年（1053年），又調知成德軍（河北省正定縣）升為禮部侍郎。又調到定州（河北省定縣）。皇帝加封他為端明殿學士，特地升為吏部侍郎，知益州（今四川省成都市）。
嘉佑四年（1059年），從益州回京後被授於三司使，後因包拯等上書說其兄宋庠任宰相，宋祁不宜任三司使，沒能上任。之後皇帝加封他為龍圖閣學士，知鄭州。
嘉佑五年（1060年），《唐書》修撰完畢，宋祁被升為左丞、工部尚書。
嘉佑六年（1061年），宋祁回到京城拜翰林學士承旨，複任群牧使。
嘉佑六年三月（1061年），宋祁卒於東京，卒後諡號景文。