思想主張
方孝孺主張作文要“神會於心”，反對摹擬剽竊，其文風格豪放雄健。《四庫全書總目》說他“學術醇正”，文章“乃縱橫豪放，頗出入於東坡、龍川之間”。他的散文常以物喻理，直抒胸臆，文筆暢達，言簡意明，為時人所傳誦。如《蚊對》一文，以蚊喻人，揭露世之衣冠禽獸公然在白晝“乘其同類之間而陵之，吮其膏而醢其腦，使其餓踣於草野，流離於道路”的猙獰麵目。並指出對這些食人者如采取聽之任之的態度，不是“君子先人後身之道”。《指喻》一文,則以“拇病為戒”，指出囧“天下之事發於至微而終為大患”，勸喻人們要防患於未然。
個人作品
方孝孺說，他是見“世人之好誕者死於誕，……而終身不知其非者”而作(《遜誌齋集》卷六)。可見《越巫》是作者有感於明初“好誕”“好誇”的不良風尚，作之以為世戒的警世振俗之文。文章生動地描述了慣於裝神弄鬼的越巫，被惡少裝鬼而嚇死的故事，鞭撻了招搖撞騙、自欺欺人的越巫之流；也形象地揭示了騙人者始則害人、終則害己這一古訓。敘事生動而簡潔，立意正大而警策，作者雖不加議論褒貶，但傾向鮮明，讓人領悟妄人欺人者“不自知其非”的可悲。這在“終身不自知其非者眾矣”的封建社會，具有警世作用。方孝孺的著作今存《遜誌齋集》及《方正學先生集》等。由於永樂中凡藏有他文章的俱遭死罪，留傳於世的詩文是由後人輯錄的，因此其中難免雜有他人之作。據《南濠詩話》記載,《勉學》24首是陳子平作,《漁樵》1首為楊孟載作，《牧牛圖》為元人詩。