投身行伍
高崇文生於幽州（今北京一帶），生性樸厚寡言，不通文字，但卻聰穎敏慧，才智過人。他年輕時，曾在平盧軍從軍，熟諳兵事。
唐德宗貞元（785年—805年）年間，高崇文隨長武城使、神策行營節度使韓全義鎮守長武城（今陝西長武縣）。他治軍有聲名，累官至金吾將軍。
激戰佛堂原
貞元五年（798年）夏，吐蕃軍三萬人犯寧州（今甘肅寧縣），高崇文奉命率甲士三千前往解救，激戰於佛堂原，大破吐蕃，吐蕃軍死傷過半。戰後，高崇文獲封渤海郡王。
平定嘩變
貞元十四年（798年）閏五月十一日，德宗任命韓全義為夏、綏、銀、宥四州節度使。德宗命他率長武城部眾前往就任。因夏州是沙磧鹽鹵之地，又時值盛夏，士兵們不願意遷徙到西北艱苦之地。同月十二日，士兵發生嘩變，殺死大將王棲岩，韓全義翻越城牆逃走。時任都虞候的高崇文誅殺了帶頭嘩變的人，此後士兵才安定下來。同月二十七日，德宗任命高崇文為長武城都知兵馬使，不頒發敕書，而是讓中使口頭宣授。高崇文在長武城積粟練兵，聲威大振。
貞元二十一年（805年）八月，唐憲宗李純即位，韓全義入朝，高崇文代掌行營節度留務，並兼任禦史中丞。
戎麾指蜀
元和元年（806年），西川節度副使劉辟割據西蜀，發兵圍攻東川節度使李康。宰相杜黃裳力主討劉辟，推薦時為神策軍將領的高崇文為帥。同年正月二十三日，唐憲宗拜高崇文為檢校工部尚書、兼禦史大夫，充任左神策行營節度使，率左右神策、麟遊奉天各地的屯兵進軍；神策京西行營兵馬使李元奕及山南西道節度使嚴礪亦共同參戰。當時，名聲、地位平素便為人們推重的老將很多，都認為自己應當是征討蜀中的人選，及至憲宗頒詔起用高崇文，他們都感到非常驚訝。
高崇文在長武城駐紮時，訓練了五千士兵，常常保持著戰備狀態。他在卯時接到詔命，到辰時便已啟程，軍中的器械裝備與製成的幹糧，沒有任何缺少的。正月二十九日，高崇文由斜穀出兵，李元奕由駱穀出兵，一同奔赴梓州（今四川三台）。高崇文率軍至興元時，將士們途中在客舍進餐，有人把店主的筷子折斷，高崇文便將此人斬首示眾。
高崇文領兵由閬州（今四川閬中縣）直撲梓州。劉辟的將領邢泚領兵逃走，高崇文進入梓州，屯紮下來。劉辟為了洗刷自己的罪責，將被俘的李康交還給高崇文，高崇文因李康兵敗丟城，便將他斬殺。
劉辟命人在鹿頭山（今四川德陽縣東北）築城，連結八座柵壘，屯聚一萬多兵力，力阻高崇文。六月初五，高崇文擊敗劉辟。劉辟又在鹿頭關東麵的萬勝堆（今四川德陽縣東北）設置柵壘。同月初六，高崇文派驍將高霞寓攻下鹿頭城以東的萬勝堆，經過八次激戰後，攻陷萬勝堆，由此可以俯視鹿頭關全城。
六月初八，高崇文在德陽擊敗劉辟。同月十一日，高崇文在漢州再敗劉辟。
七月，高崇文在玄武擊破劉辟軍一萬人。同月初三，憲宗頒詔，命征討西川的援軍一概聽從高崇文的指揮。
八月十二日，高崇文再次在鹿頭關擊敗劉辟軍，其餘各軍也順利行進。此外，參戰的河東將領阿跌光顏（李光顏）駐軍鹿頭關西麵，阻斷劉辟的糧道。不久後，綿江柵守將李文悅、鹿頭關守將仇良輔都率城向高崇文投降，還捕獲劉辟的女婿蘇強，數以萬計的士兵投降。攻克鹿頭關後，高崇文率軍直逼成都，所到之處，敵軍無不崩潰，軍隊在行進中從未受阻。同月二十一日，高崇文攻克成都，並派高霞寓擒獲出逃的劉辟。
高崇文進入成都後，在四通八達的大道上駐紮下來，讓士兵就地休息，市中的店鋪沒有受到驚動，市場上珍貴的貨財堆積如山，也沒有遭受絲毫的搶掠。高崇文將劉辟等二十餘人送往京城，斬殺劉辟的大將邢泚和館驛巡官沈衍，對其餘的人一概不加追究。對軍府的事務，無論大小，高崇文令一律遵從前任劍南西川節度使、南康郡王韋皋時期奉行的慣例，經過高崇文從容不迫的指揮，西川全境便完全平定。
登榮相印
元和三年（808年）冬，高崇文被加封為同中書門下平章事，邠寧慶節度使，南平郡王。
元和四年（809年）九月二十五日（11月6日），高崇文病故，追贈司徒，諡威武。
會昌六年（846年）十月，高崇文與裴度、杜黃裳、李愬同配享憲宗庭廟。高崇文之孫高駢為唐末名將，大破南詔但拒絕進攻黃巢，養兵自重，晚年昏庸，致使被手下將領殺害。