早年事跡
少年時期：惠能俗姓盧，傳說初生時有“二異僧”來取名“惠能”，是從小就叫惠能；按照佛門慣例，“惠能”是出家時的法名。父親原在範陽（今北京附近的涿縣）做官，後來被貶遷流放到新州（今廣東新興縣）。惠能於貞觀十二年在新州出生。幼年時父親就去世了，後來母子移居南海（廣州）。長大以賣柴維持生活。《曹溪大師別傳》說他三歲父母就都去世了。
求法因緣：據《壇經》係所說，惠能某天聽人誦《金剛經》而有所領悟。被告知黃梅憑墓山弘忍大師講《金剛經》，於是決定去參禮。《壇經》燉煌本隻簡略說“辭親”；後來惠昕本和《祖堂集》說，有客人鼓勵他並出錢安頓老母。依《別傳》，惠能參禮弘忍，與《金剛經》無關。《別傳》說惠能先去曹溪，結拜兄弟劉誌略的姑母“無盡藏”尼常誦《大涅槃經》，惠能不識字，郤能為他解說經義。在寶林寺住了一段時間，到樂昌依智遠禪師坐禪，又受慧紀禪師的激發，才決定去黃梅參禮弘忍。
黃梅得法
依神會所傳，大約經一個月時間，惠能到了黃梅（今湖北省黃梅縣）的憑墓山。這裏是唐初五十多年的禪學中心，傳承了達摩禪的正統。惠能見到弘忍，自稱“唯求法作佛”。因惠能答說：“人即有南北，佛性即無南北。獦獠身與和尚身不同，佛性有何差別”，而受到弘忍的賞識。惠能被派在碓房裏踏碓，一共八個多月。“願竭其力，即安於井臼；素刳其心，獲悟於稊稗”。勞作與修持相結合，雖是佛教所固有（如周梨盤陀迦因掃地而悟入），但成為此後曹溪禪的特色。
一天，弘忍集合門人，要大家作一首偈，察看各人的見地，以便付法。大家仰望著神秀，作為東山會下的教授師，神秀並沒有自信，可又不能不作偈，於是將偈寫在廊下的壁上。惠能知道了，以為神秀偈沒有見性，也就作了一偈，請人寫在壁上：菩提本無樹，明鏡亦非台，本來無一物，何處惹塵埃。
弘忍發現了惠能的見地，便在夜間喚他進房，為他說法，付法傳衣，繼承了祖位。弘忍為惠能說法，《壇經》燉煌本說：“說金剛經”；惠昕本等說：說到“應無所住而生其心”時，惠能言下大悟；《神會語錄》等說：“忍大師就碓上密說直了見性。於夜間潛喚入房，三日三夜共語。”《別傳》說：問答有關佛性的問題。印順法師認為，付法是密授的，所以沒有人會知道。惠能也許有提到過，但諸本的傳說大都是禪師們所推測而表達的。
當天晚上，弘忍就送惠能去九江驛，回嶺南。
南歸隱遁
大庾嶺奪法：惠能在黃梅得法，當夜就走了。過長江，到九江驛，然後直回嶺南。東山門下，知道衣法付與惠能，有些人就向南追來。其中有名惠明的，一直到大庾嶺上，追到了惠能。惠明曾任四品將軍，有軍人的氣質。當時惠能將衣給惠明；惠明反而不知所措，表示“遠來求法，不要其衣”。傳衣雖表征了傳法，但有衣並不代表有法。惠明要的是法，惠能便為惠明說法。說法的內容後來傳說為：“不思善，不思惡，正與幺時，那個是明上座本來麵目”，惠明言下大悟。惠能於是讓他向北去化人，惠能這才平安回到嶺南。惠明本是弘忍弟子，因為聽惠能說法，而作為惠能弟子。
五年法難：“三年（五年）勿弘此法”，《壇經》以來一致表明惠能曾有隱遁。原本是五（三）年，為了符合弘忍（675）入滅，惠能（667）出家繼承理想，才形成十六年隱遁說。這五（三）年（662──666）中，惠能所遇到的障礙，史料均沒有確切說明。弘忍付法時曾說：“自古傳法，氣如懸絲；若住此間，有人害汝。”禪者傳法和弘法有難，禪史多有載錄。如果是“當理與法”（指當時東山門下的秘授傳法）的付法，得法的人多，便不會引起嚴重紛爭。但一代一人的付囑製（或繼承一個寺院），在名位心未盡的，就不免引起紛爭。惠能當時是24歲的在家行者，如果公開付法，則不可能不爭不害。
付法而有爭執的，在四祖道信將入滅時，弟子均爭奪祖位。道信在破頭山建寺，而傳法於弘忍，弘忍卻在東麵的憑墓山另建寺院，因為原住的僧眾有部分不接受領導，所以不得不獨自創建。弘法而有難，在《高僧傳》和《續高僧傳》中有諸多例子。菩提達摩傳禪也“多生譏謗”；或說為人毒害。在佛教史上，弘法特別是弘闡禪法，超越時流，容易受譏謗誣控，受毒害驅擯。惠能以前諸祖，及惠能門下的神會，所遇的法難都很重。印順法師認為：“這可見一種獨到的法門的弘開，是太不容易了。惠能受法而有爭、有難的傳說，應有事實的成分。”
弘化時期
出家與受戒：惠能受戒之法性寺（今廣州光孝寺）(4張) 能過了五年遁跡於勞苦的生活，終於因緣成熟而出家。幹封二年（667）正月初八日，惠能到了廣州法性寺（今光孝寺）。印宗正在講涅槃經，惠能在座下參聽。“因論風幡語，而與宗法師說無上道”。印宗非常欣奇，問起來，才知東山大法流傳嶺南的，就是這一位。於是非常慶幸，正月十五日普集四眾，由印宗親為惠能落發。二月初八日為惠能授具足戒。此時惠能30歲。惠能弘法伊始，便以“直指人心，見性成佛”的頓悟禪，為嶺南佛教帶來了一股清新氣息，在當地已經具有了一定的影響，特別是他作為五祖衣缽傳人的身份，更使他受到了廣州方麵的敬重。
從廣州到韶州：惠能受戒後，就在廣州法性寺開單傳宗旨。次年春，惠能去曹溪山寶林寺（今南華禪寺），“印宗法師與緇白送者千餘人”。曹溪屬韶州，與廣州相去七百多裏。惠能得印宗讚揚且受廣州方麵的崇敬。《別傳》說惠能去黃梅前曾在曹溪小住。從黃梅回來又到過曹溪。從廣州經大庾嶺而到黃梅，必經韶州；惠能在往來時在曹溪小住，多少有相識的人。過去“雖猶為惡人所逐”，不能安定的住下來。現在出家受具足戒，得到廣州的擁護，曹溪僧眾也就表示歡迎。所以惠能回到曹溪而成為寶林寺的主導者。
住持曹溪：惠能住曹溪山的故寶林寺。中宗複位時（705）敕於天下諸州立（或改名）中興寺。後來稱為中興寺的故寶林寺，又賜名而改為法泉寺（707）。法泉寺以外，還有惠能住在廣果寺的記載。可見惠能的住處不止一處。依佛門一般情形，名山都有主體大寺；此外有茅蓬和別院屬大寺所管轄。惠能在曹溪山不一定住在寶林寺；住過的地方皆成立別院。《壇經略序》說“蘭若十三所”，所以《壇經》等隻泛說曹溪山。而法泉寺與廣果寺，應為規模大而居住時間多的兩寺。
大梵寺說法：惠能到韶州大梵寺說法，是《壇經》所明記的。刺史韋據等到曹溪寶林寺，禮請惠能出山，在城內的大梵寺說法，聽眾一千餘人，是當時的盛會。惠能“說摩訶般若波羅蜜，授無相戒”。記錄下來，就是《壇經》的主體部分。《壇經》後來經過不少的增損，但惠能頓教的內容、特色，及其淵源，仍可依此而有所了解。
德音遠播
惠能四十多年的禪的弘化（667──713），引起了深遠的影響。弟子們的旦夕請益，對頓教的未來開展，給予決定性的影響外，更影響到社會和皇室。據王維《六祖能禪師碑銘並序》所述，惠能的德化，不但百越氏族（浙東、閩、粵、越南等），連印度，南洋群島，都有遠來禮敬請益的。惠能弘化於嶺南，對邊區文化的啟迪，海國遠人的向慕，都有所貢獻。所以王維稱譽為：“實助皇王之化。”
惠能在嶺南弘化，竟引起了中原皇室的尊重，受到了皇室禮請及供養。長壽元年，武則天派遣“天冠郎中”張昌期，前往韶州曹溪“請能禪師”，惠能“托病不去”；到萬歲通天元年，“再請能禪師”，惠能還是不去，於是便請袈裟入內道場供養。武則天晚年又再次派薛簡迎請惠能；到中宗景龍元年十一月，此時武則天早已去世，皇帝又派薛簡再請。《別傳》所傳神龍三年十一月十八日（九月改元景龍元年）詔修寶林寺等，應屬同一時間的事。
另《別傳》說：神龍三年（707）敕韶州百姓修中興寺，賜額為法泉寺；惠能新州故宅建為國恩寺。鑒真在天寶九年（750）經過韶州，證實了法泉寺與唐室有關。武則天崇信佛法，中宗和睿宗都仰體母後德意而信佛護法；賜額法泉寺，即使武則天已去世，民間也視為武則天所造。王維《能禪師碑》所述，其後《曆代法寶記》，《曹溪別傳》等都有敘述。雖存在年月的紛亂，而對皇室禮請，敕建寺院，致送供養之事，並無實質的改變。
惠能恢複前代佛教僻居山林，抗跡塵外的宗尚。一生遠遁嶺南，應是考慮到北方特別是兩京一帶主要是神秀為代表的北宗勢力範圍，不願涉足這一是非圈。當時南北二宗雖然沒有後世禪籍渲染的那麽尖銳對立，但多少存在著矛盾。同時也和惠能的個性有關，不願交遊權門，刻意與朝廷保持一定距離，仍保持了自達摩禪以來曆代祖師山林佛教的特色。
入滅前後
最後的說法：惠能晚年的末後說法。 依《壇經》所傳，有三部分：
一、惠能教“十弟子”：為人說法，不能失去“三科法門”和“三十六對”的本宗：“吾教汝說法，不失本宗。舉三科法門，動用三十六對，出沒即離兩邊。說一切法，莫離於性相。若有人問法，出語盡雙，皆取法對，來去相因，究竟二法盡除，更無去處。”印順法師認為，“一切”無非是“相依相因”的對待法而不離文字，所以“三十六對法，解用通一切經”；但是今日的“禪師們”已經“好簡成性”，甚至對於“三科三十六對”的教法基礎，“也嫌他名數紛繁”而並不理會。
二、先天二年（713）七月八日，惠能與大眾話別。大眾都涕淚悲泣，惠能為大眾說《真假動靜偈》，直指“動上有不動”的離假即真。說完後“眾僧既聞，識大師意，更不敢諍，依法修行，一時禮拜，即知大師不久住世”，於是“告別”。在告別而大眾悲泣中，傳說隻有神會“不動亦不悲泣”。六祖便獨讚他：“得善不善等，毀譽不動”。惠能認為“吾滅後二十餘年，邪法繚亂，惑我宗旨”，於是暗示神會在洛陽提倡南宗，“定佛教是非，豎立宗旨，即是我正法”。（疑偽）（開元二十年頃，神會在滑台大雲寺，召開無遮大會，建立南宗宗旨。）
三、八月三日入滅當天，惠能食後又與大眾話別。法海問起：“此頓教法傳受，從上已來，至今幾代？”這才有七佛以來四十世的敘述。法海又啟請大師，留什麽法令後代人見性？惠能更說《見真佛解脫頌》（“自性真佛解脫頌”）。然後要門人“莫作世情哭泣，而受人吊問，錢帛，著孝衣”，這都符合律製。最後的教誡是：“如吾在日一種，一時端坐。但無動無靜，無生無滅，無去無來，無是無非，無住（無往），但能寂靜，即是大道。”
入滅：先天二年（713）八月三日夜三更，惠能在新州國恩寺“奄然遷化”了。“端身不散，如入禪定”。據載，這幾天曹溪有“異香氤氳，山崩地動，林木變白，日月無光，風雲失色”等異征。早在先天元年（712），惠能歸新州國恩寺，則命人在該寺造塔。入滅後，當時廣州、韶州和新州三方，為爭奉遺體產生了一番辯論。據載，最後達成了焚香的協議，“香煙指處，師所歸焉”。結果香煙指向韶州曹溪。十一月十三日，惠能的遺體從新州迎回曹溪安葬。惠能的塔院由弟子令滔管理；從上傳來的袈裟也留在塔院供養。塔院並非本寺，而是附屬於本寺的別院。