盈科從小聰慧，萬曆五年(1577)人縣學為生員，十三年(1585)鄉試中舉，“自為諸生，名已隆隆起”但是，此後於萬曆十四年、十七年兩次赴京參加進士考試，皆不第而歸。萬曆二十年(1592)三月，與袁宏道同榜進士及第。八月，授長洲(今江蘇吳縣)縣令。長洲屬三吳，“賦稅之重，甲於天下”，江盈科同情人民，常因催科不力而遭“長官詈罵”。為緩解人民“京解諸役”之苦，置役田二千餘畝以資役費。任職六載，賢令名聲遠播。萬曆二十六年(1598)，先報吏部主事，旋因李應策劾奏江盈科“以征賦不及格”而改官大理寺正。是年冬離京，奉命恤刑滇黔。兩年後升戶部員外郎並主試四川。三十二年七月，擢四川提學副使。次年八月，病逝於四川。後歸葬桃源蘇溪。
江盈科體察下情，興利除弊，是一位難得的賢吏。他著《王者所天在民論》，認為民為王者之天，王者之心”。王權表露形跡，天下民眾總是設法逃避；而民權表現的是心，卻無跡可尋，民心向背，關係社稷的存亡，力量無比。因此，為官者必然“不敢忽民，不忍殘民，不能一瞬息忘民”。他批評當時朝政腐敗：“宮中黃金高如鬥，道旁死人不如狗。民苦君樂不忍聞，分明藉資與敵手”。袁宏道讚歎江盈科“痛民心似病，感事淚成詩”。在文學上，江盈科參與創立公安派，貢獻巨大。他為文主張“元神活潑”，寫真性、真情、真我，被袁氏兄弟稱為詩文“大家”。傳世著作有今人黃仁生博士輯校、由嶽麓書社出版的《江盈科集》。