戲曲整理及其他馮夢龍作為戲曲家，主要活動是更定傳奇，修訂詞譜以及在戲曲創作和表演上提出主張。至於馮夢龍創作的傳奇作品，傳世的隻有《雙雄記》和《萬事足》兩種，雖能守曲律，時出俊語，宜於演出，但所寫之事，缺少現實意義。馮夢龍之所以重視更定和修譜工作，在於他看到當時傳奇之作，“人翻窠臼，家畫葫蘆，傳奇不奇，散套成套”(《曲律序》)的現象嚴重。為了糾正這種弊端，使之振興，於是主張修訂詞譜，製訂曲律，以期“懸完譜以俟當代之真才”(同前)。同時提出“詞學三法”，強調調、韻、詞三者不應偏廢。在馮夢龍看來，一部優秀劇作，應該情真意新，韻嚴調協，詞藻明白，文采斐然，案頭場上，兩擅其美。馮夢龍正是在這種主張驅使之下，從事傳奇更定工作的。馮夢龍更定的作品達數十種之多，現可考者有17種，其中頗有不少名作，如湯顯祖的《牡丹亭》、《邯鄲夢》，袁晉的《西樓記》，李玉的《一捧雪》、《人獸關》和《永團圓》，《占花魁》，以及《精忠旗》等。在更定過程中，馮夢龍強調關目的真實自然，合乎情理，突出中心，反對枝蔓。更定的《精忠旗》，便是以慷慨大節為主腦，突出嶽飛忠君愛國和將士人民對他的愛戴。他還注重人物性格的多側麵刻畫，使之生動鮮明。以更好地發揮“傳奇之袞鉞”的作用。在他更定的《酒家》中，就曾給各種人物以不同的個性特征，“雖婦人女子，胸中好醜，亦自了了”（《酒家序》）。對於音律，見原作落調失韻處，馮夢龍也總是按譜加以修改，以便於演唱。他要更定湯顯祖《牡丹亭》的原因，便是認為這部具有無限才情的傑作，隻是“案頭之書，非當場之譜”（《風流夢小引》），馮夢龍更定的《牡丹亭》，與湯顯祖原著的意趣，雖有所差異，但也的確使之便於用昆腔演唱。
《春香鬧學》、《遊園驚夢》、《拾畫叫畫》等著名昆曲劇目，便有采用馮夢龍定本的地方。馮夢龍更定傳奇的工作，對於糾正創作脫離舞台的案頭化偏向，繁榮明末戲曲，起了一定的積極作用。
在戲曲表演藝術方麵，馮夢龍也有不少精湛之論。他在《雙雄記序》中提出，“歌者”必須識別調的宮商，音的清濁，不能“弄聲隨意”、“唇舌齒喉之無辨”。在更定傳奇的眉評中，也時時“提示”演員，何處是“精神結穴”處，戲要做足；何曲演時不宜刪略。要求演員應認真領會角色的思想感情，氣質風度，以及其所處的藝術環境，演出神情和個性來。這表明馮夢龍在有意地探討表演藝術的規律，並從理論上作了一些總結。
馮夢龍的散曲集《宛轉歌》和詩集《七樂齋稿》，均已失傳。從殘存的數十首作品中可以看出，其散曲多“極摹別恨”之作。他的詩以通俗平易見長，雖不成詩家，但亦有可觀之作。如在知縣任上寫的《催科》，其中便有“帶青□早稻，垂白鬻孤孫”之句。正如鍾惺所評：“下句更慘。二語出催科吏之口中，亦無可奈何之極矣。”（《明詩歸》卷七）
此外，馮夢龍還曾參與校對精刻《水滸全傳》，評纂《古今譚概》、《太平廣記鈔》、《智囊》、《情史》、《太霞新奏》等，並有笑話集、政論文等十餘種傳世，還撰有研究《春秋》的著作《麟經指月》。
明代文學是以小說、戲曲和民間歌曲的繁榮為特色的。小說、戲曲方麵，頗有一些大作家，但在小說、戲曲、民間歌曲三方麵都作出了傑出貢獻的，明代唯馮夢龍一人而已。