繪畫
倪瓚擅山水、竹石、枯木等，其中山水畫中采用了典型的技法——折帶皴，是元代南宗山水畫的代表畫家，其作品以紙本水墨為主。其山水師法董源、荊浩、關仝、李成，加以發展，畫法疏簡，格調天真幽淡。作品多畫太湖一帶山水，構圖平遠，景物極簡，多作疏林坡岸，淺水遙岑。用筆變中鋒為側鋒，折帶皴畫山石，枯筆幹墨，淡雅鬆秀，意境荒寒空寂，風格蕭散超逸，簡中寓繁，小中見大，外落寞而內蘊激情。他也善畫墨竹，風格“遒逸”，瘦勁開張。畫中題詠很多。他的畫由於簡練，多年來偽作甚多，但不容易仿出其蕭條淡泊的氣質。在倪瓚的畫論中，他主張抒發主觀感情，認為繪畫應表現作者“胸中逸氣”，不求形似（“仆之所謂畫者，不過逸筆草草，不求形似，聊以自娛耳”）。畫史將他與黃公望、吳鎮、王蒙並稱元四家。明清時代受到董其昌等人推崇，常將他置於其他三人之上。明何良俊雲：“雲林書師大令，無－點塵土。”王冕《送楊義甫訪雲林》說，倪瓚“牙簽曜日書充屋，彩筆淩煙畫滿樓”。
倪瓚是影響後世最大的元代畫家，他簡約、疏淡的山水畫風是明清大師們追逐的對象，如董其昌、石濤等巨匠均引其為鼻祖，石濤的書法題畫，從精神到體式皆是以倪瓚為法的。倪瓚亦是一個以複古為旗幟，而追求藝術個性化的書法家，他與張雨、楊維楨一樣，既屬於這個時代，又不屬於這個時代，這就是藝術對時代的超越性價值。
明代江南人以有無收藏他的畫而分雅俗，其繪畫實踐和理論觀點，對明清畫壇有很大影響，至今仍被評為“中國古代十大畫家之一”，英國大不列顛百科全書將他列為世界文化名人。
畫作有：《江岸望山圖》《竹樹野石圖》《溪山圖》《六君子圖》《水竹居圖》《鬆林亭子圖》《獅子林圖》卷、《西林禪室圖》《幽澗 寒鬆圖》《秋林山色圖》《春雨新篁圖》《小山竹樹圖》《容膝齋圖》《修竹圖》《紫蘭山房圖》《梧竹秀石圖》《新雁題詩圖》等。有《水竹居圖》《容膝齋圖》《漁莊秋霽圖》《虞山林壑圖》《幽澗寒鬆圖》《秋亭嘉樹圖》《怪石叢篁圖》《竹枝圖》《溪山仙館》《霜林湍石》等傳世。
書法
倪瓚工書法，擅楷書，他的書法作為在野的高人韻士，參禪學道，浪跡天涯 ，以一注冰雪之韻，寫出了他簡遠蕭疏，枯淡清逸的特有風格。徐渭雲：“瓚書從隸入，輒在鍾繇《薦季直表》中奪舍投胎，古而媚，密而疏。” 倪瓚真正做到了既“隱”且“逸”，其書既遒勁、精美，又率意、簡逸，無怪乎後人多稱其為“倪高士”。文征明、董其昌都曾高度讚美過他的書法。文征明評曰：“倪先生人品高軼，其翰劄奕奕有晉宋風氣 。”董其昌評曰： “古淡天真，米癡(即米芾)後一人而已。”倪瓚與格守帖學的書法比較，完全是兩種迥然不同的風格，不免遭人非議。如項穆指責倪瓚“下筆之際，苦澀寒酸。縱加以老彭之年，終無佳境也”。而
近代書家李瑞清認為：“倪迂書冷逸荒率，不失晉人矩 ，有林下風， 如詩中之有淵明（陶淵明），然非肉食者所解也。”倪瓚傳世作品有《三印帖》、《月初發舟帖》、《客居詩帖》、《寄陳惟寅詩卷》、《與率度劄》、《與良常詩翰》、《與慎獨二簡》、《雜詩帖》等多種。
詩詞
倪瓚生活於戰亂的環境中，想逃避現實，放棄田園產業，過著漫遊生活。“照夜風燈人獨宿，打窗江雨鶴相依”，就是他生活的寫照。不過他也不可能完全脫離現實，他在《寄顧仲瑛》詩中說：“民生惴惴瘡痍甚，旅泛依依道路長。”尤其是至正十五年(1355)，他竟以欠交官租被關進牢獄，他在《素衣詩》中說：“彼苛者虎，胡恤爾氓。”表明了他的批判態度。不過倪瓚對現實常常采取消極姿態。他有一首散曲〔折桂令〕說：“天地間不見一個英雄，不見一個豪傑。”他不隱也不仕，漂泊江湖，別人都不了解他，他也不想被人了解。倪瓚的詩造語自然秀拔，清雋淡雅，不雕琢，散文也一樣。 著有《清閟閣集》15卷。