小時了了
孔融十歲那年隨父親到達京城洛陽。當時，名士李膺在洛陽任職，如果不是名士或者他的親戚，門人一般不通報。孔融想看看李膺是個什麽樣的人，就登門拜訪。他對門人說：“我是李君的親戚。” 守門人通報後，李膺接見了他。李膺問他說：“請問你和我有什麽親戚關係呢？” 孔融回答道：“從前我的祖先孔子和你家的祖先老子有師資之尊（孔子曾向老子請教過關於周禮的問題），因此，我和你也是世交呀！”當時很多賓客都在場，對孔融的回答十分驚奇。後來太中大夫陳韙來到李膺府第，賓客把這件事告訴他，陳韙卻不以為然地說：“小時候聰明長大後就不一定聰明。”孔融立即反駁道：“那麽您小時候一定很聰明吧。”陳韙無話可說。李膺大笑，說：“你這麽聰明將來肯定能成大器。”
孔融讓梨
孔融讓梨的故事最早應見《世說新語箋疏》注引《續漢書》。說的是孔融四歲時候，與兄弟一起吃梨，但他一直拿最小的梨吃，父親奇怪地詢問他，他回答說：“我是小孩子，按理應該拿小的。”孔融的宗族因而對他感到驚奇。《三字經》中就有“融四歲，能讓梨”之語。
忘年之交
“忘年之交”出自《後漢書·禰衡傳》：“衡始弱冠，而融年不惑，遂與為交友。”指年輩不相當而結交為友。
哭墳不悴
據《禦覽》二百六十二引《秦子》記載說：孔融任北海相時，在路上看見一個人在墳墓邊哭泣自己的亡父，臉色卻一點都不憔悴。孔融於是將此人殺了。
殺宥之三
北宋嘉佑二年（1057年），蘇軾以一篇《刑賞忠厚之至論》得到梅堯臣賞識，其中有一句的內容說：“皋陶曰殺之三，堯曰宥之三。”當時考官皆不知其典故，主考官歐陽修問蘇軾出於何典。蘇軾回答在《三國誌·孔融傳》中。歐陽修翻查後仍找不到，蘇軾答道：“曹操滅袁紹，以紹子袁熙妻甄宓賜子曹丕。孔融雲：‘即周武王伐紂以妲己賜周公’。操驚，問出於何典，融答：‘以今度之，想當然耳’。”歐陽修聽畢才恍然大悟。
覆巢之下安有完卵
孔融被害時，他的女兒七歲，男孩九歲，因年幼得以保全。寄在別人家中。二子下棋，孔融被捕，不為之動。左右的人說：“父親被逮捕，不起，為什麽？”答說：“哪裏有巢毀壞了卵不破的呢？”主人有給肉汁的，男孩口渴喝了。女孩說：“今天這樣的禍，難道能夠久活，還要知道肉味嗎？”哥哥號哭而止飲。有人對曹操說了，於是決定都殺掉。等到捉拿的人到，女的對哥哥說：“如果死者有知，得見父母，難道不是我們最大的願望！”於是引頸就刑，顏色不變，沒有人不為之悲傷的。